Spuybroek studeerde in 1989 cum laude af aan de TU Delft. Het jaar daarop won hij de Archiprix voor zijn inzending van het Palazzo Pensile, een nieuw paleis voor Koningin Beatrix op het Rotterdamse Brienenoordeiland. Vlak daarop begon hij met Maurice Nio het tijdschrift in boekvorm NOX, waarvan vier delen uitkwamen tussen de jaren 1991 en 1994 (A: Actiones in Distans, B: Biotech, C: Chloroform en D: Djihad)