Omstreeks 1975 voegde Cees Nagelkerke zich op voorstel van Youke van den Bout, buurtarchitect op de Westelijke Eilanden, bij de Bewonersgroep Haarlemmerbuurt, die zich tegen het beleid van de Gemeente Amsterdam in, sterk maakte voor de herbouw van de Haarlemmer Houttuinen. Op zijn beurt nodigde Cees Nagelkerke Arne van Herk uit om gezamenlijk bebouwingsmogelijkheden te ontwikkelen op de lege gronden tussen het spoorwegviaduct en de Haarlemmerdijk. Dank zij de intensieve druk die buurtbewoners met hulp van deze architecten ontwikkelden besloot de Gemeente Amsterdam tot de herbouw van deHaarlemmer Houttuinen. Het stedenbouwkundig plan tussen Prinsengracht en Haarlemmerplein werd als een coproductie opgesteld door de architecten H.Hertzberger, Youke van den Bout, EGM en van Herk en Nagelkerke, die vervolgens ook de bebouwing ontwierpen. De veelgeprezen witte huizen aan de binnenzijde van de nieuwe stadsstraat markeerde de start van de architectenpraktijk van zowel Cees Nagelkerke als Arne van Herk. Om de Nieuwe Houttuinen toegankelijk te maken naar de Haarlemmerdijk ontwierpen beide architecten tevens twee witte poortgebouwen bestaande uit winkelruimten met bovengelegen woningen. De leegstaande Haarlemmerpoort werd in dezelfde periode in gebruik genomen door beeldend kunstenaar Jenny Hazenberg en haar groep PARA bekend door hun manifestaties als “levend kunstwerk”. Cees Nagelkerke associeerde zich met haar project Haarlemmerpoort en ontwikkelde in dit kader ook weer in samenwerking met A.van Herk plannen voor de zg “ creatieve restauratie “van de monumentale voormalige stadspoort. Vanaf 1983 als zelfstandig architect opererend bleef Cees Nagelkerke actief in de Amsterdamse stadsvernieuwing met het vervaardigen van plannen op een aantal vervallen locaties in de Jordaan. Een eerste serie werd gebouwd in de Rozenstraat en Laurierstraat en tweede Laurierdwarsstraat. Een tweede serie ontstond aan de Rozengracht, de Bloemstraat en de tweede Bloemdwarsstraat. Het laatste project kreeg de benaming “ Hangende Tuinen “ vanwege de begroeide pergolaconstructie langs de bovenrand van de aan weerszijde van de straat gelegen bebouwing. In het woongebouw aan de evenzijde van de Rozengracht ook behorend tot deze serie werd op de begane grond een winkelruimte ontworpen in opdracht van de eigenaren van Wonen 2000, een bekend adres voor hoogwaardige interieurinrichting en design. Enige jaren daarna werd aan de evenzijde van de Rozengracht opnieuw winkelruimte ontworpen voor Wonen 2000/de Kasstoor in een woongebouw dat tevens een achttal grote woningen in twee verdiepingen bevatte. Beide winkelruimtes kenmerken zich door een overvloed aan daglichttoetreding en een avontuurlijk circulatiepatroon door de ruimte en een tuin aan de achtergevel. Dezelfde benadering van de ruimtelijke eigenschappen keren ten slotte terug in het voor dezelfde opdrachtgevers ontworpen en in 2014 opgeleverde dwoonwarenhuis in gebouw DESIGN 020 op Steigereiland ,IJburg. Cees Nagelkerke participeerde ook in het ontwerpen en realiseren van drie woongebouwen op Java-eiland onder de regie van architect Sjoerd Soeters. In Nieuwe Uylenburgerstraat werd een tussen de Uylenburger Synagoge en diamantslijperij Boas, thans Gassan, een omvangrijk woningcomplex gerealiseerd onder de naam gebouw de Leeuw/ genoemd naar de bekende broodfabriek annex diamantslijperij de Leeuw,die daar tot aan de tweede wereldoorlog gevestigd was. In het archief van Cees Nagelkerke is een grote verzameling van werken op papier aanwezig waarin ontwerpen in ontwikkeling in beeld werden gebracht. Deze beeldende aktiviteit beslaat beslaat de gehele periode en bevat zowel beeldmateriaal van gerealiseerde werken als van werken die niet werden uitgevoerd. De laatste categorie betreft de beelden van de mogelijke bebouwing van de Haarlemmer Houttuinen en de Creatieve restauratie Haarlemmerpoort (1976-1978) beide in bruikleen bij het Nieuwe Instituut. ​Voor het Haarlemmerplein verrichte Cees Nagelkerke een omvangrijke bebouwingsstudie als een vervolg op de werken aan de Haarlemmerdijk en Nieuwe Houttuinen, die echter niet echter niet tot een gerealiseerd bouwplan leidde. Een stedenbouwkundig plan voor een centraal in de historische kern van Muiden gelegen scheepswerf getransformeert tot woongebied, werd in 2004 omarmd door de Muidense gemeenteraad, maar is tot op heden niet tot uitvoering gebracht en zal waarschijnlijk niet of in sterk verminkte vorm uitgevoerd worden. Anno 2017 is een ontwerp voor een zelfbouwkavel in de maak voor dochter Celine en haar man Bob en kinderen.