IIn 1896 kwam de oudste zoon, Maria Adrianus van Nieukerken (1879-1963) bij zijn vader op het bureau in dienst; vanaf 1903 werkte hij als zelfstandig architect met zijn vader samen. Een jongere zoon, Johan van Nieukerken (1885-1962) trad enige jaren later in de maatschap in. Ook de zoons waren autodidacten, alhoewel M.A. van Nieukerken ook enige jaren colleges volgde op de Technische Hogeschool te Delft. Er volgden een aantal grote opdrachten. -1898; de restauratie van de vestibule van het Paleis het Loo te Apeldoorn -1898; de eerste fase van de bouw van het Academisch Ziekenhuis te Groningen -1899; de bouw van het kasteel De Wittenburg te Wassenaar -1906; de bouw van het huis de Duin en Kruidberg op het gelijknamige landgoed bij Santpoort. Dhr. Cremer, oud-minister van Koloniën en directeur van de Nederlandse Handelmaatschappij was de opdrachtgever. Vader en zoons Van Nieukerken werkten gezamenlijk aan dit project waarbij zowel het exterieur als het gehele interieur (tot aan meubelontwerpen toe) door hen werden ontworpen. -Vanaf 1910 werd begonnen met de bouw van de eerste paviljoens op het terrein van de Martha-Stichting in Alphen aan de Rijn. In 1911 werden de architecten uitgenodigd om deel te nemen aan een prijsvraag voor een nieuw gebouw voor het Koloniaal Instituut (nu het Koninklijk Instituut voor de Tropen); J.Th.J. Cuypers en B.J. Ouëndag waren de andere kandidaten. De raad van beheer koos voor het ontwerp van de Van Nieukerkens omdat dat het meest voldeed aan het programma van eisen en aan de eis van schoonheid. Wel moest het ontwerp op een aantal punten herzien worden zodat de bouw binnen een gesteld budget van maximaal Fl. 1.200.000,- gerealiseerd kon worden. De raad van beheer ging uiteindelijk akkoord met het herziene plan en de definitieve opdracht werd aan de Van Nieukerkens toegewezen. Voor J.J. van Nieukerken was dit het laatste project waaraan hij gewerkt heeft; hij overleed 5 oktober 1913. Het Koloniaal Instituut zou het grootste project worden waaraan de Van Nieukerkens gewerkt hebben, maar het werd ook een omstreden project. De bouwplannen waren ingediend bij het college van B en W die ze voor advies voorlegde aan de gemeentelijke schoonheidscommissie. De schoonheidscommissie onder leiding van de architect A. Salm keurde de plannen onomwonden af met als motivatie dat het gebouwencomplex geen eenheid vertoonde en niet paste in zijn omgeving. Er volgde een gesprek tussen de schoonheidscommissie en M.A. van Nieukerken, dat echter geen oplossing bracht. De raad van beheer vroeg om een oordeel van een 'erkende autoriteit op bouwkundig gebied', Jhr. V. de Stuers, chef van de afdeling Kunsten en Wetenschappen van het Departement van Binnenlandse Zaken en grondlegger van de monumentenzorg in Nederland. Jhr. de Stuers beoordeelde het ontwerp van de Van Nieukerkens positief en hij vond het rapport van de schoonheidscommissie onder de maat. Het college van B en W hechtte blijkbaar meer waarde aan het oordeel van Jhr. de Stuers dan dat van de schoonheidscommissie want het bouwplan werd 27 februari 1914 door het college goedgekeurd. De volledige schoonheidscommissie trad hierop af. In 1915 kon met de eigenlijke bouw begonnen worden, die op twee jaar gepland was en nog een jaar voor de inrichting. Echter door onvoorziene omstandigheden zou de bouw voortdurend vertraging oplopen. Het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog had al snel materiaalschaarste en daardoor prijsstijgingen tot gevolg. Het gestelde budget bleek al snel te klein. Er was veel tijd nodig om nieuwe gelden bijeen te brengen om de bouw te kunnen voortzetten. In 1918 was alleen de onderbouw nog maar klaar. De voorbereiding voor de uitvoering van de bovenbouw was in 1920 gereed; men hoopte de werkzaamheden nu in een paar jaar af te ronden. Een storm in 1921, die veel schade veroorzaakte, onder andere aan de steigers, zorgde al weer voor een forse vertraging en een stijging van de kosten. Al met al duurde het tot 1926 voordat het gebouw officieel kon worden geopend door Koningin Wilhelmina. De bouw- en inrichtingskosten bedroegen uiteindelijk Fl. 6.000.000,-. De architecten Van Nieukerken ondervonden vaker weerstand bij de presentatie van hun ontwerpen. In 1914 gaf de Nederlandse Handelmaatschappij de opdracht voor de bouw van een nieuw kantoor op de hoek van de Lange Vijverberg en de Kneuterdijk te 's-Gravenhage. Het ontwerp van de Van Nieukerkens verdween echter voor enkele jaren in een lade wegens het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog en omdat de hoofddirectie in Amsterdam uiteindelijk andere prioriteiten stelde. In 1920 werden de plannen voor de bouw weer actueel en kregen de gebroeders Van Nieukerken de opdracht hun ontwerpen verder uit te werken. Nu was het de schoonheidscommissie van de gemeente 's-Gravenhage (onder leiding van Prof. K. Sluyterman en Ir. Suyver) die bezwaren maakte. De commissie keurde het ontwerp af en bracht een negatief advies uit aan het College van B en W, die daarop de bouwvergunning weigerde. De schoonheidscommissie formuleerde zijn standpunt als volgt (volgens M.A. van Nieukerken): 'de gekozen stijl van het ontwerp past niet bij zo'n groot gebouw; []het ontwerp mist het karakter van een voornaam kantoorgebouw; []de schoonheidscommissie wenste dit karakter, renovatie van de 17e eeuwse renaissance, voor dit gebouw niet; [] de architecten deden er verkeerd aan in het karakter van hun werk door te gaan; []de stromingen zijn nu geheel anders, en men moet met de stroom meegaan en er niet tegen in gaan'.(29) De opdrachtgever, de Nederlandse Handelmaatschappij, stond achter het ontwerp en men wees de suggestie van de hand om voor de gevels een andere architect te kiezen en alleen het interieur aan de Van Nieukerkens over te laten. 'Voor het Haagse kantoor had men zich bewust tot de architecten Van Nieukerken gewend zoals men zich voor het Amsterdamse kantoor bewust tot de architect De Bazel had gewend; beide hadden een eigen uitgesproken kunst'. Of het ontwerp van Van Nieukerken werd gebouwd of er werd helemaal niet gebouwd en dit terwijl de bestaande bebouwing al gesloopt was. Kortom een flink conflict. De zaak werd voorgelegd aan de gemeenteraad die zich uiteindelijk in een tweede zitting met paar stemmen verschil, 21 tegen 19, uitsprak vóór het ontwerp van de Van Nieukerkens. Het college van B en W legde zich bij het besluit van de raad neer. Het kantoor van de NHM kon gebouwd worden. Er volgde van de schoonheidscommissie 's-Gravenhage een gelijke reactie als van de commissie in Amsterdam bij de affaire rond het Koloniaal Instituut; zij trad en bloc af. Tussen de jaren 1918-1930 kregen de architecten Van Nieukerken nog een aantal grote opdrachten toegewezen. -1915-1930; de bouw van het kantoor van de Bataafsche Petroleum Maatschappij (thans Shell) aan de Carel van Bylandtlaan te 's-Gravenhage. In 1915 werd begonnen met de bouw van het kantorencomplex; in de jaren twintig volgde een tweetal uitbreidingen. -1928-1931; de bouw van het Diaconessenhuis Bronovo eveneens te 's-Gravenhage. -1925; de bouw van het buitenhuis Op Hoevelaken te Hoevelaken voor de familie Van Aalst. Toch raakte het bureau over haar hoogtepunt heen. De historische richting in de Bouwkunst waarvan de architecten Van Nieukerken deel uit maakten, verloor meer en meer terrein. In 1930 schreef de gemeente 's-Gravenhage een prijsvraag uit voor een ontwerp voor een nieuw stadhuis op het Alexanderveld. Een aantal architecten, die verschillende stromingen vertegenwoordigden werden hiervoor uitgenodigd; niet de gebroeders Van Nieukerken, als vertegenwoordigers van de 'historische richting'. Zij schreven een protestbrief aan de Raadhuiscommissie, het college van B en W en de gemeenteraad; echter zonder resultaat. De architecten bleven uitgesloten van de prijsvraag. Maar ook particuliere opdrachtgevers keren de Van Nieukerkens de rug toe. Toen bijvoorbeeld de Bataafsche Petroleum Maatschappij een nieuw kantoor ging bouwen voor de BIM (Bataafsche Import Maatschappij)aan de Wassenaarseweg te 's-Gravenhage werden de Van Nieukerkens gepasseerd en ging de opdracht naar de architect J.J.P. Oud. Na de Tweede Wereldoorlog namen de opdrachten verder af. Het laatste grote project waaraan de architecten gewerkt hebben was de bouw van een schoolgebouw aan de Sweelinkstraat als dependance voor de Huishoudschool aan de Laan van Meerdervoort, 1950-1955. Er bleef voornamelijk restauratiewerk over. In Leiden de restauratie van de Pieter- en Marekerk, 1940-1950; in Gorssel de restauratie van de Nederlandse-Hervormde Kerk, 1946-1947: in Breda de restauratie van de OLV-Kerk waarmee men al in 1911 was begonnen; in 's-Gravenhage de restauratie van het Catshuis in het Park Zorgvliet, 1949 De gezondheidtoestand van de beide broers ging achteruit en omdat er geen opvolging was werd het architectenbureau Van Nieukerken in 1960 gesloten.